منذ تأسيسه عام 2015 التزم صندوق ووقفية القدس بتبني قضية الطلبة المقدسيين وتوفير منح  دراسية تضمن لهم إكمال دراستهم في الجامعات الفلسطينية ،  فأسس الصندوق برنامج منح وإقراض الطلبة المقدسيين واعتمده كبرنامج رئيسي ضمن برامجه ليوفر أكثر من 1500 منحة دراسية للطلبة المقدسيين وعشرات القروض الجامعية لطلبة الدراسات العليا للدراسة داخل فلسطين وخارجها .
صندوق منح وإقراض الطلبة المقدسيين الذي وقع اتفاقيات مع معظم الجامعات الفلسطينية لبناء شراكات تقوم على أساس خدمة الطلبة المقدسيين ، ينفذ منحه من خلال منظومة تضمن الوصول للطلبة المستحقين واعتماد مبدأ تكافؤ الفرص ، حيث أن الباب مفتوح لجميع الطلبة لتقديم طلب الحصول على منحة دراسية من خلال الجهات المختصة في كل جامعة والتي تقوم بدورها بعملية المسح الاجتماعي للطلبة المتقدمين .
وفي عام 2019 أطلق صندوق منح واقراض الطلبة المقدسيين مبادرة تطور وانتماء لتكون برنامج عمل تطوعي لكل الطلبة المستفيدين من المنح ترسيخا لثقافة العطاء من خلال تنفيذ أعمال تطوعية لصالح المجتمع المقدسي .
كذلك أطلق صندوق منح وإقراض الطلبة المقدسيين منتدى (قدسنا) ليكون بمثابة رابطة تجمع كافة الخريجين والمستفيدين من المنح الدراسية .وتوفر لهم الرابطة برامج تدريبية وورشات إثراء علمية لبناء قدراتهم في المجال المهني والحصول على وظيفة .
وحول مستقبل البرنامج صرح المدير التنفيذي لصندوق ووقفية القدس طاهر الديسي أن إدارة الصندوق تسعى لمأسسة البرنامج وأتمتة عملياته ، بحيث تصبح عملية التقدم للمنح من خلال منصة الكترونية وكذلك عملية التقييم والأرشفه ، وأضاف الديسي بأن جمعية القدس للتمكين والتنمية إحدى مؤسسات مجموعة صندوق ووقفية القدس ستدير البرنامج وسيجري العمل على تعزيز الموارد المالية للبرنامج ليكون قادرا على خدمة أكبر عدد من الطلبة المقدسيين 
وحول مجموعة من قصص النجاح التي سطرها الطلبة المستفيدين من البرنامج تستعرض الدائرة الاعلامية لصندوق ووقفية القدس مجموعة من قصص النجاح النحو التالي :
الطالب محمد الحرباوي وهو طالب تخرج من جامعة بيرزيت استطاع الحصول على منحة تفوق دراسي على مدار 4 سنوات ، ليتخرج من كلية الادارة والاقتصاد ليبدأ عمله في مجال الإدارة الطبية في احدى المراكز الصحية في مدينة القدس .
الطالب زكريا حجيج وهو طالب متميز في كلية الطب في جامعة القدس وحافظ للقرآن الكريم يتحدث للدائرة الاعلامية أنه لولا حصوله على منحة صندوق ووقفية القدس لما استطاع تحقيق حلمه لدراسة الطب بجامعة القدس .
الطالب عبد الهادي العملة وهو طالب في كلية التمريض من جامعة بيرزيت وهو على وشك التخرج بدرجة متميزة ليكون قاب قوسين أو أدنى من تحقيق حلمه بدراسة التخصص الذي يرغب .
الطالب فراس فراح وقد حصل على قرض دراسي لإكمال دراسة الماجستير في المملكة المغربية  وتحديدا تخصص ادارة المنشأت الثقافية وهو إحدى التخصصات الذي تحتاجها مدينة القدس .
الطالبة تالا زنانيري وقد حصلت على منحة دراسية بنسبة 50% لتستطيع انهاء درجة الماجستير في تخصص النطق والسمع من الجامعة الاردنية ولتكمل دراستها المهنية بكفاءة وتميز .
الطالبة حنين شرباتي وهي احدى الطالبات المتفوقات في جامعة القدس وقد حصلت على منحة جزئية خلال فترة دراستها بتخصص الطب في جامعة القدس ، وهي اضافة لتفوقها الدراسي ترأس برنامج تيديكس في الجامعة .
الطالب جهاد قوس وقد تخرج من جامعة القدس بتخصص التربية الرياضية تحدث كيف شجعته منحة صندوق ووقفية القدس على الالتحاق من جديد في الجامعة بعد انقطاعه عنها لأكثر من عامين .
الطالبة يارا أبو حويج وهي طالبة في جامعة بيت لحم وابنة الاسير أشرف ابو حويج استطاعت إكمال دراستها الجامعية في جامعة بيت لحم من خلال منحة صندوق ووقفية القدس .
أما الطالب محمد دبش والطالبة ايمان الشعراوي فقد التحقوا بكلية الطب بجامعة النجاح وفق البرنامج الموازي واستطاعوا بعد تفوقهم الدراسي الانتقال الى البرنامج العادي والاستفادة من منحة صندوق ووقفية القدس .
من جهته صرح الدكتور عبد الرؤوف السناوي عميد شؤون الطلبة في جامعة القدس بأن منحة قدسنا والتي يمولها صندوق ووقفية القدس تعتبر من أهم المنح في الجامعة والتي حافظت على استمراريتها ونموها على مدار السنوات الخمس الماضية .
وشكر السناوي باسم طلبة وادارة جامعة القدس ادارة صندوق ووقفية القدس على مواظبتهم الدائمة وسعيهم لتمكين الطلبة المقدسيين وتميزهم في ذلك من خلال ابتكار برامج خلاقة توازي تقديم المنح الدراسية .